ניקוי החותמת הינו חשוב ביותר – למען הארכת חיי החותמת והעלאת איכות העבודה.

לאחר כל שימוש בחותמת, יש לנקותה בחומר המיוחד המיוצר ע"י יצרן הדיו, כדי שהחריצים לא יסתמו על ידי הדיו וכדי להוריד אבק שנדבק.
יש לטפטף מספר טיפות מחומר הניקוי על החותמת ולנגב במטלית כותנה.

לחילופין, ניתן להספיג את המטלית בחומר הניקוי ולנקות את החותמת.

רצוי לנקות את החותמת, לעיתים קרובות, במברשת שיניים טבולה בחומר הניקוי, כדי להוציא מכל החריצים את שאריות הדיו והאבק שנדבק אליהם.

לאחר השימוש והניקוי, יש לשמור את החותמות במקום מוצל ואפלולי שאינו חשוף לקרני השמש.

אין להשתמש בחומרים על בסיס מים אשר עלולים לגרום נזקים לתושבות העץ , וגם לא בחומרים המכילים אלכוהול העלולים לפגוע בגומי / סיליקון ולפגום בגמישותו .